Chór został założony w 2002 roku przez Tamása Bubnó, węgierskiego dyrygenta specjalizującego się w muzyce sakralnej, który podczas zbierania melodii religijnych do pracy doktorskiej zatytułowanej Pochodzenie i warianty grekokatolickich pieśni liturgicznych na Węgrzech i Podkarpaciu, odnalazł nieznany manuskrypt Liturgii Św. Jana Chryzostoma na chór męski, skomponowany przez działającego na przełomie XIX i XX w. grekokatolickiego księdza i kompozytora Jánosa Boksay'a (1874-1940).

Bubnó zebrał przyjaciół, profesjonalnych muzyków śpiewających w znakomitych chórach w Budapeszcie oraz kilku swoich byłych studentów ze Schola Cantorum Budapestiensis i stworzył zespół w celu wykonania odnalezionego dzieła.

Nowo powstały chór zaczął regularnie brać udział w bizantyjskim obrządku liturgicznym, głównie w kościołach grekokatolickich w Budapeszcie i innych węgierskich miastach.

Wziął nazwę od Św. Efraima, Syryjczyka (307-378), który był pierwszym wielkim bizantyjskim twórcą hymnów, zwanym przez sobie współczesnych Harfą Św. Ducha.

Pierwsza płyta chóru z odkrytą przez Bubnó liturgią Boksaya została nagrana przez Hungaroton w roku 2005. Następna, wydana rok później przez Orpheia zawiera jedyny motet Ferenca Liszta Slavimo Slavno Slaveni do tekstu w języku starocerkiewno -słowiańskim. Następne płyty nagrane były w firmie BMC. Powstały dwa srebrne krążki zawierające Chóry męskie Liszta oraz CD Mozaiki bizantyjskie, który w czerwcu 2010 uhonorowano Supersonic Award przyznaną przez wydawany w Luxembourgu Pizzicato Magazine.

Chór Św. Efraima brał udział we wszystkich ważniejszych węgierskich festiwalach i koncertował w większości krajów Europy. Jego koncerty z utworami Liszta i Bartóka osiągnęły ogromny sukces na Schleswig-Holstein Festival co spowodowało, że plany fonograficzne zespołu obejmują nagranie kompletu utworów na chór męski obu wielkich kompozytorów.