Twórcą i założycielem Cappelli Gedanensis jest prof. dr Alina Kowalska-Pińczak, pedagog, wokalista i była dziekan Wydziału Teorii i Kompozycji Akademii Muzycznej w Gdańsku. Początki zespołu sięgają 1981 roku. Cappella Gedanensis, nawiązując do bogatej twórczości muzycznej dawnego Gdańska, kontynuuje tradycje założonej w XVI wieku Kapeli Rajców Miejskich. Wykonuje opracowane i wydane drukiem arcydzieła muzyki gdańskiej.

W dorobku repertuarowym zespołu znajdują się dzieła gdańskich kompozytorów: F. de Rivulo, P. Sieferta, C. Fórstera, C. Büthnera, Ch. Wernera, N. Zangiusa, J. V. Medera, T. A. Volckmara, M. D. Freislicha, J. B. Ch. Freislicha. Poza repertuarem gdańskim, zespół wykonuje również wielkie dzieła oratoryjno-kantatowe: G. F. Haendla, J. S. Bacha, A. Vivaldiego, G. B. Pergolesiego, W. A. Mozarta, F. Schuberta.

Część tego bogatego dorobku artystycznego została wydana na 21 płytach CD.

Zespół ma w dorobku Złotą i Platynową Płytę (A. Vivaldi, Pory roku z 2000 oraz kolędy Nowy Rok u Ojca Świętego z 2002 roku). Płyta ze Stabat Mater L. Boccheriniego, z udziałem Agnieszki Tomaszewskiej, została w 2008 roku nominowana do nagrody Fryderyka.

Cappella koncertowała niemal na całym świecie: w USA, Chinach, Izraelu oraz większości państw europejskich. Uczestniczyła w licznych festiwalach międzynarodowych w kraju i za granicą. Zespół występował także przed Ojcem Świętym Janem Pawłem II oraz uczestniczył w znaczących wydarzeniach historycznych z udziałem prezydentów i monarchów Europy. Od 1992 roku Cappella Gedanensis posiada status instytucji kultury, co umożliwia stałe poszerzanie zakresu działalności artystycznej.

Zespół realizował wspólne projekty z Reinhardem Goebelem/Musica Antiqua Köln, Kwintetem Filharmoników Berlińskich, Triem Sigiswalda Kuijkena oraz z zespołem Capilla Flamenca.

Cappella Gedanensis występuje okazjonalnie ze znakomitymi dyrygentami – Tadeuszem Wojciechowskim, Tadeuszem Wicherkiem, Michałem Dworzyńskim, Kai Baumannem oraz Wolfgangiem Helbichem.

W 2004 roku Cappella Gedanensis, wspólnie z Radą Miasta Gdańska, zapoczątkowała cykl koncertów Muzyka w Nowym Ratuszu. Promocje młodych talentów, gdzie występują młodzi artyści, m.in. stypendyści i laureaci Nagród Prezydenta Miasta Gdańska. Dokonania młodych artystów i ich mistrzów wydawane są na płytach, w ramach projektu Złota Kolekcja Talentów Gdańskich.