Marek Pijarowski jest absolwentem wrocławskiej Akademii Muzycznej w klasie dyrygentury Tadeusza Strugały.

Umiejętności doskonalił na międzynarodowych kursach mistrzowskich w Weimarze pod kierunkiem Arvida Jansonsa.

W 1974 roku zdobył I nagrodę w Ogólnopolskim Konkursie Dyrygenckim w Katowicach oraz specjalną nagrodę Orkiestry Filharmonii Śląskiej.

W 1977 roku uzyskał stypendium rządu austriackiego, dzięki któremu swoje umiejętności doskonalił w wiedeńskiej Hochschule für Musik und Darstellende Kunst, pod kierunkiem prof. Karla Österreichera.

Związany od 1974 roku z Filharmonią Wrocławską, w 1980 roku został jej dyrektorem naczelnym i artystycznym oraz przejął obowiązki dyrektora artystycznego Festiwalu Polskiej Muzyki Współczesnej we Wrocławiu - obie funkcje pełnił do 2001 roku.

W latach 2002-2005 był dyrektorem artystycznym Filharmonii Łódzkiej oraz I dyrygentem Filharmonii Krakowskiej. Był również dyrektorem artystycznym Międzynarodowego Festiwalu Chopinowskiego w Dusznikach Zdroju.

Od sezonu 2007/2008 jest dyrygentem-szefem Orkiestry Filharmonii Poznańskiej.

Artysta współpracuje z orkiestrami filharmonicznymi i radiowymi w Polsce oraz z wieloma zagranicznymi. W Akademii Muzycznej we Wrocławiu i na Uniwersytecie Muzycznym w Warszawie prowadzi klasy dyrygentury.